旗山天后宮座落於熱鬧的市集街道旁。這座創建於1817年（清嘉慶22年）的建築是旗山地區現存最古老的廟宇，目前列為直轄市定古蹟。建築主體保留了傳統閩南式的風貌，格局採用了前殿與正殿的兩進式設計。屋頂覆蓋著紅色的板瓦，燕尾脊的曲線向天空延伸，脊背上裝飾著彩色的剪黏與交趾陶。
三川殿的入口處矗立著一對石獅子。這對以青斗石雕刻的獅子保留了清代中葉的古樸風格，左側的公獅張口戲球，右側的母獅閉口護子。一塊刻有「坤德配天」字樣的匾額懸掛在正殿上方，這方木匾自1822年（清道光2年）保存至今，字跡因長年的香火煙燻而顯得深沉。牆面上鑲嵌著1824年（清道光4年）的興建碑誌，這塊石碑記錄了廟宇早期的興建歷程。
神龕內供奉著一尊五尺八吋高的媽祖神像。這尊被稱為「軟身媽祖」的木雕神像設有活動關節，其四肢可以自由伸展以方便更換衣袍，是廟內的鎮殿之寶。虎爺將軍供奉在神桌下方的凹洞內，金色的外觀顯得威猛。紅色的燈籠懸掛在樑柱之間，繚繞的香煙燻黑了殿內的木造構件。
