妙崇寺是一座位於山區環境中的佛教寺院，建築群分布於坡地之上，周圍多為林地與山勢，寺院空間順著地勢展開。妙崇寺最早並非設於此地，後因發展需求轉移至六龜山區，並於20世紀後期完成奠基與建設，逐步形成今日所見的寺院規模。
寺院由多座殿堂組成，建築圍繞庭院配置，殿宇之間以院落串聯，空間層次分明。建築形式採用傳統中式宮殿與院落結合的方式，屋頂與牆體結構呈現出明確的層次感。樑柱、斗拱與牆面大量使用石材與木構件，裝飾細節繁複，形成一致且鮮明的建築風格。
寺院牆面與殿內空間可見大量雕刻與彩繪作品，題材涵蓋佛像、咒語與宗教象徵圖像。部分牆體以中、梵文字呈現六字真言，直接融入建築表面，使宗教信仰成為空間構成的一部分。殿內佛像多為立體雕刻，比例完整，雕工細膩，使宗教場所同時具備明顯的藝術展示特性。
毘盧殿內設有大型壁畫作品，採用景泰藍工法呈現，色彩層次豐富，畫面細節密集，成為殿內視覺焦點之一。這類作品在空間中佔有重要位置，使室內環境在宗教用途之外，也呈現出高度集中的藝術表現。
行走於妙崇寺的殿堂與庭院之間，可以清楚分辨各建築的配置方式與使用區域，同時從不同位置觀察寺院與周圍山勢的高低變化，使整個空間呈現出清楚而有層次的山區寺院樣貌。
