水圳恩公祠是一處與地方水利開發歷史緊密相連的紀念性建築，其存在源自清代一項改變區域農業條件的重要工程。當時六龜新威一帶以旱田耕作為主，灌溉水源不足，農作收成長期受限，地方發展亦因此受到影響。
清咸豐期間有一位原籍廣東海縣的黃仙人遷居至新威庄，觀察到當地地形與用水條件後，開始思考引水灌溉的可能性。他實地踏查地勢，親自動手開鑿水圳，嘗試將荖濃溪的水源引入農地。這項工程並非一人之力完成，而是在庄民共同投入下，逐步完成水道鋪設，使溪水得以穩定灌溉周邊大片農田。
水圳完成後，原本仰賴天候的耕作環境出現明顯轉變。穩定的水源讓農地利用條件大幅改善，灌溉面積擴及二百餘甲，糧食產量隨之提升，也為地方生活帶來長期而實質的改變。這條水圳後來被地方稱為「仙人圳」，名稱本身即反映出居民對開鑿者的尊敬與感念。
水圳恩公祠的設立，正是為了紀念黃仙人在水利建設上的貢獻。不僅承載對個人的感謝，也象徵地方社群對水資源與農業基礎的重視。相較於單純的宗教信仰空間，水圳恩公祠更接近一處歷史記憶的保存點，將人力開發與自然環境之間的關係具體地留下來。
水圳恩公祠所代表的價值，不在於建築形式本身，而在於其背後所連結的水利工程與集體行動。它記錄了一段由觀察地形、動手開鑿到改變耕作條件的過程，也讓後人得以理解，地方發展往往來自長時間的勞動累積與對環境的深入認識。
