藍眼淚生態館成立於2018年8月，是馬祖第一座以高互動性設計為核心的自然遺產生態主題館，坐落於南竿鄉仁愛村，提供旅客在任何季節都能深入認識馬祖藍眼淚的難得機會。館舍入口面向村落，建築外觀低調樸實，內部卻藏著令人目眩的聲光體驗。
馬祖藍眼淚是全球十五大奇景之一，由夜光藻所發出的生物發光現象，在特定夜晚波光粼粼的海面上形成如藍色星海般的夢幻景象，吸引無數旅人跋山涉水前來追逐。然而藍眼淚的出現高度依賴天候、海況與月相，且主要集中在每年春末夏初的特定季節，許多旅客往往在最佳賞淚期前後造訪，遺憾地錯過這份奇景。藍眼淚生態館的創立，正是為了打破這道季節藩籬，讓每一位到訪馬祖的旅客都有機會深度認識藍眼淚。
館內除了靜態的馬祖生態介紹展區外，最核心的體驗是運用4D環繞虛擬實境技術打造的沉浸式藍眼淚場景，讓遊客彷彿置身馬祖海灣夜空之下，四周藍光閃爍，身歷其境地感受夜光藻群聚時那份震撼人心的美麗。這套技術的加入讓生態館成為馬祖旅遊中具有高度話題性的新興景點，親子家庭及攝影愛好者均給予極高評價。
藍眼淚生態館電話為0836-23338，採全程預約制，每梯次限額30人入場，以維持高品質的參觀體驗。開放時間為週二至週日上午10:00至12:00、下午13:30至17:40，夜間場次18:40至21:00。票價方面，全票350元（冬季優惠300元），優待票250元（65歲以上、12歲以下、軍人、學生及身心障礙者），馬祖在地居民及駐馬軍人100元。
館舍地址位於南竿鄉仁愛村24號，可搭乘南竿公車或騎乘租賃機車前往，鄰近大漢據點與北海坑道，可規劃半日行程串連參訪，充分體驗南竿的軍事地景與自然生態兩大特色。建議旅遊旺季提前線上預約，確保順利入場。
對於有孩童同行的家庭旅遊而言，藍眼淚生態館是馬祖南竿少數特別適合親子同遊的室內體驗景點。生態展示以深入淺出的方式介紹夜光藻的生命習性、馬祖海洋生態系及藍眼淚形成的科學機制，讓大小朋友在趣味互動中建立對海洋生態的認識。館內空調舒適，不受戶外天候影響，即使是風雨天氣或盛夏正午，都是避暑與深度旅遊的好選擇。藍眼淚生態館讓馬祖最神祕的自然奇景不再只是運氣的選擇，而是每位旅人都能享有的美麗體驗。
