貓嶼坐落在澎湖縣望安鄉西南方海域，距離望安島約十六公里，由大貓嶼與小貓嶼兩座無人島構成。兩座島嶼從遠處望去，外形宛如兩隻蹲伏的貓咪靜靜守在海面上，名字也因此而來。整體陸域面積約十公頃，四周被陡峭懸崖包圍，是澎湖南方海域最具代表性的離島地景之一。
貓嶼的地質背景相當特殊，整座島嶼由海底裂隙湧出的玄武岩冷卻凝固而成，依鉀氬定年資料，岩體年代大致落在一千一百三十萬年至一千一百六十萬年之間。島緣環繞著大規模的柱狀玄武岩，大貓嶼的柱狀節理多呈彎曲、傾斜的姿態，搭配長年海蝕作用形成的海蝕洞、海蝕拱門與壁立海崖，從海面仰望時，岩柱排列像被海風雕刻過的巨型石牆，是攝影與地質愛好者眼中的經典畫面。大貓嶼最高點海拔約七十公尺，是整個澎湖群島的最高處；小貓嶼位在大貓嶼東方約一百公尺，最高海拔約五十公尺，兩島在退潮時藉由一條淺海溝相連，潮位低時還能看到貫穿大貓嶼西側的海蝕拱門短暫露出水面。
貓嶼最受矚目的身份，是台灣第一座依《野生動物保育法》劃設的野生動物保護區。澎湖縣政府於一九九一年將大、小貓嶼及周邊海域公告為「貓嶼海鳥保護區」，範圍涵蓋兩島陸地，以及自島嶼海岸線向外延伸一百公尺的海域，總面積約三十六點二公頃。後續又被劃為野生動物重要棲息環境，受到雙重法規保護，是台灣海鳥保育的重要象徵。
生態方面，貓嶼是澎湖海域數一數二的海鳥繁殖天堂。歷年紀錄顯示，島上累積出現過二十二科、約五十五種鳥類，其中以玄燕鷗與白眉燕鷗族群最為龐大，兩者合計約佔總數的九成，繁殖季時整片島嶼上空與峭壁滿是盤旋鳴叫的鳥影。此外也曾觀察到大水薙鳥、軍艦鳥、白腹鰹鳥等較稀有的海鳥造訪。每年大約三月到九月是主要繁殖期，鳥群進出頻繁，懸崖上佈滿鳥巢，遊客若搭乘巡航船隻在附近海域停留，常能近距離看到大群海鳥起降覓食的畫面。
為了維護棲地完整，貓嶼採取嚴格的管制方式，一般遊客不可登島，僅能由島嶼周邊海域進行海上巡航觀賞；任何形式的騷擾鳥類、撿拾鳥蛋、採集動植物或破壞地形等行為都被嚴格禁止。若是學術研究、生態調查或媒體拍攝等需求，須事先向主管機關提出申請，取得核可後才能登島作業。前往貓嶼通常從望安島或七美島出發，可選擇參加當地業者規劃的「南方四島／南海巡航」行程，行程多會串連花嶼、東吉嶼、西吉嶼、東嶼坪、西嶼坪等南方海域島嶼，依航線不同所需時間從半日到一日不等。出海行程受天候與海況影響很大，東北季風盛行期間風浪較大，建議選擇夏季前往，並提前向船家確認班次與安全規範。
