西吉嶼坐落在澎湖南方海域，是澎湖南方四島國家公園的成員之一，與東吉嶼、東嶼坪嶼、西嶼坪嶼合稱南方四島。整座島嶼面積大約零點八九平方公里，外觀呈現方山形狀，四周被海蝕崖環繞，從船上望去就像一塊漂浮在海面上的綠色巨石。早期島上曾有西吉村聚落，居民以漁業為生，民國六十七年因為交通與生活機能不便，由政府輔導全村遷往本島，從此西吉嶼成為一座無人島，也讓島上的自然生態與地質景觀得以完整保留下來，成為澎湖最具神祕色彩的離島之一。
西吉嶼最為人津津樂道的，是位於島嶼西北側海崖的「灶籠」，也就是近年聲名大噪的澎湖藍洞。灶籠其實是一個洞頂坍塌透空的海蝕洞，因為玄武岩節理受到長年海浪與風化侵蝕，下方岩體斷裂崩落之後，形成一個半開放的孔洞，洞口往下望去，可以看見排列整齊的柱狀玄武岩一路延伸到水面，海水透過洞口折射出深淺不一的藍色光暈，整個畫面就像被打了一道天光的水晶宮。在地人覺得它的造型很像早期煮飯用的灶爐，因此取名為灶籠，而日本媒體在民國一百零二年分享攝影師拍下的照片後，這片澎湖藍洞便在網路上迅速爆紅，成為國內外旅人爭相朝聖的秘境。
從地質的角度來看，西吉嶼屬於澎湖南海玄武岩自然保留區的一部分，整座島嶼的成因可以追溯到大約一千兩百萬年前的火山活動。岩層由上而下分成三段：頂部是玄武岩風化形成的紅土層，中段是節理明顯、排列整齊的柱狀玄武岩，下段則是受到海浪持續拍打侵蝕、節理較不明顯的碎石坡。這種上紅下黑、中間呈現規則六角柱的層次，是澎湖群島中相當經典的玄武岩景觀，也是學術界研究海島地質與火山岩演化的重要場域。除了灶籠以外，島嶼周邊還散布著海蝕平台、海蝕溝與海蝕門等地形，搭船繞島時可以一次看到多種海蝕地貌。
要特別提醒的是，西吉嶼藍洞所在的位置同時屬於國家公園特別景觀區與玄武岩自然保留區，依照內政部於民國一百零三年公告的禁止事項，船舶與其他載具未經許可不得在特別景觀區靠岸、登岸，也不能駛入海蝕洞。換句話說，目前所有合法的旅遊行程都只能將船停在洞口外圍欣賞拍照，無法進入洞內或登島。違規進入最高可依文化資產保存法處以刑責與高額罰金，遊客在挑選旅遊業者時，建議選擇取得合法許可、行程規劃清楚標示「藍洞外圍巡航」的船隊，既能拍到夢幻的藍洞畫面，也不會誤觸法規。
由於西吉嶼沒有固定客輪與碼頭，前往的方式幾乎都是參加從馬公第三漁港南海遊客中心出發的跳島行程。常見的套裝路線會把西吉嶼藍洞與東吉嶼登島、東嶼坪嶼、西嶼坪嶼以及七美串成一日遊，整趟航程大約七到八小時，沿途會經過南方四島豐富的玄武岩柱、海蝕地形與清澈海域。最佳造訪季節落在每年四月到九月，海象穩定、能見度高，藍洞顯色也最漂亮；冬季東北季風強勁，浪況不佳時船班容易停駛，安排行程前最好預留彈性。順遊建議可以搭配東吉嶼燈塔、八卦山步道、七美雙心石滬，把澎湖南方海域的玄武岩與人文聚落一次串連起來。
