南海遊客服務中心位於澎湖縣馬公市南海路上，緊鄰澎湖第三漁港的南海碼頭，是旅客前往望安、七美、虎井、桶盤、將軍澳嶼等南海離島的主要轉運門戶，也是澎湖南海國家風景區與澎湖縣政府共同經營的重要公共設施。館體外觀以白色為主調，融入澎湖海洋與島嶼意象，外觀醒目易辨識，是澎湖南海觀光的指標性建築，許多澎湖跳島行程都以這裡作為集合點與起站，每年承載大量本國旅客與國際遊客進出。
服務中心內部依旅客動線規劃多項服務空間，包含候船室、旅遊諮詢解說櫃台、遊艇與交通船服務窗口、行李寄放區、販賣部、咖啡廣場與盥洗室。候船室提供舒適座位區與動態資訊看板，旅客可在此查詢南海離島交通船時刻、購票並等待船班；旅遊諮詢櫃台則提供澎湖整體旅遊資訊與專業解說服務。行李寄放區可暫存大件行李，方便旅客先進行馬公本島行程後再搭船跳島，或結束跳島後返回市區用餐購物，不必拖著行李奔波，是跳島旅客最常使用的便民服務之一。
建築周邊腹地設有咖啡廣場與休憩座椅，海風徐徐，可一邊等船一邊欣賞港區船隻進出，是不少旅客拍照打卡的角落。遊客中心提供澎湖南海與離島的旅遊摺頁、地圖、活動 DM 與最新交通資訊，櫃台人員也能協助解說各島嶼特色、行程建議與交通船與民營快艇的差異，對首次前往澎湖跳島的旅客相當實用。每逢澎湖花火節、海上花火、暑期旺季與連假，南海碼頭船班密集、人潮可觀，建議提前抵達並預留排隊購票與安檢時間。
從南海遊客服務中心搭乘交通船或民營藍色公路船班，可前往望安島欣賞花宅聚落與綠蠵龜生態，前往七美探訪雙心石滬、小台灣與牛姆坪海岸，或選擇虎井、桶盤等近程離島走訪玄武岩柱狀節理與聚落漁村。冬季東北季風強勁時，南海船班可能因海象停航或調整航次，行前可上澎湖縣政府公共車船管理處網站、撥打服務電話或詢問現場櫃台，確認當日船班狀況與替代方案。
中心鄰近馬公市區與澎湖開拓館、觀音亭園區、馬公港、篤行十村文創園區，步行或騎車即可串連澎湖天后宮、中央老街、四眼井、施公祠等馬公本島景點，相當適合安排為澎湖行程的中繼站。停車空間設於碼頭周邊公有停車格，自駕旅客建議提早抵達尋找車位，或改以機車、計程車前往以節省時間。整體而言，南海遊客服務中心結合候船、諮詢、休憩與寄物多功能於一身，是澎湖跳島旅遊不可或缺的起點與情報站。
