馬港天后宮坐落於連江縣南竿鄉馬祖村，面朝浩瀚海洋，是馬祖列島最核心的宗教信仰場所，也是「馬祖」地名的歷史源頭。清光緒二十年（1894年），英國海軍海圖官局在繪製南竿地圖時，將天后宮所在地「馬祖澳」標記為「馬祖」，這是文獻上「馬祖」島名最早出現的紀錄，也奠定了這座廟宇在馬祖歷史上無可取代的地位。
南竿馬祖村世代口耳相傳一段動人的傳說：媽祖（林默娘）得知父親出海捕魚遭遇風浪後，不顧危險縱身入海尋父，卻不幸遭惡浪吞噬，肉身漂至馬祖澳岸邊，被當地漁民發現後以厚葬之禮安奉，並以精雕鳳紋的石棺入土為安。後人感念媽祖的孝行與護佑海上行人的靈驗，在此建廟供奉，香火歷代不衰。明朝時媽祖受封天妃，清康熙時晉封天后，地位日隆，信眾遍及整個中國沿海與台灣。
馬港天后宮的建築融合閩東傳統廟宇美學，整體宮殿式格局莊嚴堂皇，集結兩岸三地工匠共同參與建造，雕梁畫棟精緻，木雕石刻工法細膩，展現閩東匠藝的精湛水準。正殿中最特殊的宗教設施是「媽祖靈穴」，這是全世界唯一相傳為媽祖肉身安葬所在的靈穴，信仰者視之為至高聖地，每年朝聖參拜者絡繹不絕，尤以農曆三月二十三日媽祖聖誕前後最為鼎盛。
廟內供奉著一尊具有特殊歷史的媽祖金身——2009年3月，馬祖籍登山家兼畫家李小石攜帶這尊金身成功登頂喜馬拉雅山聖母峰，使其成為全球第一尊登上世界最高峰的神明，金身返回後即供奉於天后宮，吸引無數信眾特地前來瞻仰。
每年農曆三月二十三日媽祖聖誕前後，馬祖全島最盛大的廟會慶典在馬港天后宮舉行，廟前廣場燈火通明，鞭炮聲、鑼鼓聲與信眾祈願聲交織，繞境隊伍穿越馬祖村的石板小巷，場面熱鬧而莊重，是深刻體驗馬祖民間信仰文化的最佳時機。若恰好在此節慶期間造訪馬祖，建議提早預訂住宿，因廟會期間島上旅遊需求大增，住宿常供不應求。
廟宇旁的馬祖村石板小巷保留了豐富的閩東石厝建築群，青石板路蜿蜒迷人，兩旁花崗岩砌成的老厝依山而建，部分轉型為民宿或特色餐廳，供旅客在古樸環境中體驗馬祖生活。天后宮與馬祖村共同構成馬祖最具人文深度的文化場域，可與媽祖石神像、馬港老街合併安排成半日深度行程。建議旅客留出充足時間悠閒造訪，感受這份跨越百年的海島信仰力量與歲月厚度。
