馬祖境天后宮座落於馬祖南竿島馬祖村（馬港），面朝一汪湛藍的馬港灣，是整個馬祖列島媽祖信仰的精神中心，也是連江縣最具代表性的宗教文化地標。廟宇位置地勢臨海，自古即有「馬祖娘娘靈顯之處」之美譽。正殿之中設有「媽祖靈穴」，相傳此處為媽祖遺骨的長眠之地，為全台灣乃至閩東地區唯一以靈穴形式祭祀媽祖之廟宇，在信眾心中地位超然，吸引兩岸三地信眾及香客絡繹不絕前來朝聖。
關於天后宮的歷史淵源，傳說媽祖之父因船難罹難，媽祖投海救父，卻不幸遭惡浪吞噬，其遺體漂至馬祖村澳口，被居民拾起以鳳紋石棺厚葬。此後媽祖屢次顯靈護佑漁民，居民感念神恩，於清嘉慶年間建廟奉祀，此後歷代整修不斷。清同治年間、日治期間均曾翻修，民國三十二年抗戰期間由張逸舟將軍督飭重建，至二○○二年再度以宮殿式建築格局全面重建，展現今日宏偉廟貌。
現今廟宇建築氣宇軒昂，為典型的宮殿式廟宇格局，融合兩岸三地工匠技藝共同完成，柱頭使用逾四千塊斗形木塊層疊而成，工程之精細令人嘆為觀止。龍柱以整塊石材雕刻，盤龍騰雲、栩栩如生；門神浮雕線條流暢、色彩鮮豔，充分體現閩台宗教藝術之精粹。廟宇外觀在陽光映照下金碧輝煌，廟前廣場寬敞，海風徐徐，是遊覽南竿時感受宗教氛圍的絕佳場所。
天后宮緊鄰媽祖巨神像宗教文化園區，由廟宇右側山路可接上祈福步道，沿途花崗岩石刻訴說媽祖成聖故事，步行約十五至二十分鐘即達全球最高媽祖神像的腳下。廟內設有媽祖文物展示，介紹媽祖信仰的起源與在馬祖的演變。每逢農曆三月二十三日媽祖誕辰，天后宮舉辦盛大的慶典活動，遶境隊伍穿街過巷，鑼鼓齊鳴、鞭炮震天，是體驗馬祖在地民俗的最佳時機。廟宇兩側廂房設有展示文物，記錄馬祖漁村生活史與信仰演進。
天后宮附近小攤亦販售馬祖特色香火袋、繼光餅等伴手禮，讓信眾與遊客皆能滿載而歸。廟方不定期舉辦文化導覽活動，詳細解說建築工藝與媽祖傳說，有興趣者可向遊客服務中心查詢。前往馬祖境天后宮可搭乘南竿公車至馬港站，或從福澳港騎機車約十分鐘抵達。建議與白馬文武大王廟、媽祖巨神像串聯遊覽，深度感受馬港宗教文化圈的多元樣貌，行程安排半天至一天皆宜。
