小門自然紀念物位於澎湖縣西嶼鄉小門嶼西北側海岸，主體即為被中央主管機關指定為自然紀念物的「鯨魚洞」，是台灣少數同時兼具地質學術價值與觀光景觀的玄武岩海蝕地形。小門嶼是緊鄰漁翁島（西嶼本島）北端的小型衛星島嶼，面積約 0.51 平方公里，因臨近吼門急流而有「吼門之珠」之稱，藉由小門橋與西嶼本島相連，自駕或騎機車皆可直達。
鯨魚洞坐落在小門嶼西北海岸，由柱狀節理發達的玄武岩海崖經長年波浪沖蝕、淘空，最後形成貫穿岩體的巨型海蝕拱門。從特定角度遠觀，岩體輪廓像極了一頭擱淺岸邊的鯨魚，洞口則彷彿張口仰天，因此被命名為「鯨魚洞」。由於可達性高、結構完整，加上海蝕拱門在台灣本島不易見到，農業部林業及自然保育署將其列為「特殊地形及地質現象」類別的自然紀念物加以保護。
前往鯨魚洞可由小門地質探索館旁的觀景步道進入，整段步行距離不長，沿途設有解說牌與安全圍欄，讓旅人能在不破壞地形的前提下近距離觀察玄武岩柱狀節理、海蝕平台與海蝕崖。沿線景觀大開，黑色玄武岩與湛藍海水構成強烈對比，海風與浪聲也讓地質景觀更具臨場感。
小門地質探索館前身為民國九十年（2001 年）落成啟用的小門地質館，於 2020 年 7 月封館整修，並在 2021 年 1 月以「小門地質探索館」之名重新開放。館內以史前風貌為主題，運用聲光影音、蛋型投影與模型造景，規劃入口意象服務區、深海岩石區、蛋型投影區、恐龍及植物模型造景區、玄武岩介紹牆與出口展示區等六大區，協助旅人在欣賞鯨魚洞之前先建立對澎湖玄武岩地質的基本認識。
鯨魚洞與小門地質探索館本身免費參觀，附近的小門聚落集中販售小管麵線、仙人掌冰與在地海味，適合作為西嶼北環行程的中段休息站，能在賞景之後順道品嚐道地的澎湖風味餐點。前往時請務必沿著指定步道行走，不要攀爬鬆動岩塊或於崖邊嬉戲；海蝕地形雖壯觀，但風浪大時碎石易落，颱風或長浪警報時亦不建議前往，以確保旅遊安全並落實自然紀念物的保護。
